महाराष्ट्र के गृह मंत्री के पद से भले ही अनिल देशमुख से उद्धव ठाकरे सरकार ने इस्तीफा ले लिया है, लेकिन उनके खिलाफ सीबीआई जांच के फैसले का विरोध करने के लिए वह सुप्रीम कोर्ट पहुंच गई है। बॉम्बे हाई कोर्ट की ओर से सीबीआई को अनिल देशमुख के खिलाफ प्राथमिक जांच करने का आदेश दिया गया था। इसी फैसले को उद्धव सरकार ने सुप्रीम कोर्ट में चुनौती दी है। मुंबई पुलिस के पूर्व कमिश्नर परमबीर सिंह की ओर से अनिल देशमुख पर 100 करोड़ रुपये की वसूली कराने के आरोप में उच्च न्यायालय ने यह फैसला दिया था।
इस फैसले के बाद ही अनिल देशमुख ने अपने पद से इस्तीफा दे दिया था। सीएम उद्धव ठाकरे को भेजे अपने इस्तीफे में अनिल देशमुख ने साफ कहा था कि उन पर लगे यह आरोप गलत हैं, लेकिन अदालत के फैसले के बाद वह नैतिक आधार पर पद से इस्तीफा दे रहे हैं।